Цитата: "В нашу группу компаний, входит филиал - лицензированный таможенный представитель.Данный филиал отличается от головного офиса Реквизитами КПП, это отдельное юр. лицо
По гражданскому кодексу филиал не обладает правами юридического лица.
Читаем первоисточник:
Цитата: 2. Филиалом является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства.3. Представительства ифилиалы не являются юридическими лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений.Руководителипредставительств ифилиаловназначаются юридическим лицом идействуют на основании его доверенности.Представительства и филиалы должны быть указаны в едином государственном реестре юридических лиц.
Как можно с этим спорить?
Цитата: Какова вероятность пояснить таким образом несовпадение адреса филиала и головной компании в случае проверки ИФНС?
Я правильно понимаю, что услуги оказываете Вы, и счет-факутуру выставляете тоже Вы?
Если так, то у Вас проблем с указанием неправильного адреса не будет. Я ещё ни разу не встречал, чтобы за неправильно оформленный счет-фактуру снимали реализацию и начисление НДС 😀
Другое дело покупатель услуг. Вот тут неправильный адрес может стать причиной снятия вычетов...
Вот и принимайте решение, исходя из этого...
В споре о филиале Вы абсолютно правы.
Но если там уверенность в своей правоте "зашкаливает", то можно пойти навстречу и выдать им счет-фактуру с адресом филиала... За последствия отвечают они сами.
Но, если покупатель Вы, то бороться надо до победного конца!
Успехов!